《女神异闻录》系列长期以来一直存在着与同性恋和跨性别恐慌有关的问题，而据IGN报道，《女神异闻录3Reload》的特定场景中消除了原版游戏对跨性别的歧视。

在原作《女神异闻录3》中某个场景，团队成员在海滩上试图搭讪女性，真田明彦、伊织顺平以及主角走向一个被称为“美丽女士”(Beautiful Lady)的角色。在一些来回对话之后，真田明彦指出了她下巴上有一点胡须，美丽女士回应道：“我，我漏掉了?!”顺平随后惊叫道：“她是个男的?!”

在《女神异闻录3 Portable》中，对话略有改动(角色名改为“漂亮女士”(Pretty Lady)而不是“美丽女士”)，但仍然包含了同样的跨性别恐慌。

不过，经过IGN证实，《女神异闻录3Reload》中该场景改变了对话内容，最终结果是一样的——主角团成员逃离了那个女性——但不再是因为她是跨性别者，而是因为她实际上试图向他们销售防晒霜。

在新的场景中，对话在“漂亮女士”告诉他们“你们知道天空中的太阳是假的，对吧?那是一个在上世纪80年代被送入太空的人造太阳。”之后就开始走向了错误的方向。她的角色名随后改为“妄想女士”，她告诉他们“普通的防晒霜对抗那个假太阳无效”，并试图以30万日元的价格向他们销售“特殊”的防晒霜。团队意识到这个角色有些奇怪，于是匆匆离开。这个场景仍然有些奇怪，但至少在这个新版本中，对跨性别的歧视已经消失了。

这不是Atlus第一次对《女神异闻录》系列中的同性恋或跨性别内容进行更改。2020年，Atlus在欧美发行的《女神异闻录5皇家版》中改变了一些被粉丝认为具有冒犯性和恐同性质的场景。