1988年毕业后，高圣元入职深圳市财政局，1999年他从深圳市财政局预算处副处长位置履新南山区财政局局长、区政府党组成员，在2003年5月至2004年4月担任南山区人民政府副区长兼区财政局局长、区政府党组成员、区委委员，2012年10月至2013年1月，担任福田区常务副区长、区委常委，而后成为大型国企深业集团有限公司的总经理。